所謂“水專項”，即“水體污染控制與治理”國家科技重大專項。審計署進行審計時，該專項僅環境保護部牽頭的課題就有130多個，審計組最終劃出了70多個需要重點審計的課題，其中原全國政協委員、浙江大學環境與資源學院常務副院長陳英旭主持的A課題成了此次審計的重點項目之一。
劉素是該案經辦人。她還記得，審計組在拿到“水專項”的相關課題材料後，很快就注意到總經費3億多元、國家撥付超過1億元的A課題，“這個項目有10個子課題，子課題下面又有30多個協作單位，是所有項目中最多的，填出來的表數量巨大”。
A課題隨後被列入“水專項”第一批審計項目，劉素和同事被派到了浙江大學。10個子課題中，第四子課題由陳英旭直接牽頭負責，而該課題又牽扯到兩家協作公司—杭州高博環保科技有限公司（以下簡稱“高博公司”）和杭州波易環保工程有限公司（以下簡稱“波易公司”）。第四子課題的經費大多進入了這兩家公司。
“當時就覺得這兩家公司可能有問題。”劉素表示，當時陳英旭告訴審計人員，兩家公司主要負責一些相關示範工程的建設，而且成果不錯，可這兩家公司在業內並沒有什麼知名度，規模也不大。
審計人員決定先去高博公司看看。公司的位置很偏，辦公室裡只零星坐著幾個工作人員，“一看就是學生的樣子”。而調走相關賬目記錄後，審計人員發現，公司裡的錢基本上是以一個人先借款，然後再用一些建築工程發票去衝抵的方式被提了出去，且借款人都是陳英旭的學生楊某。
審計人員找到楊某後，面對一連串的追問，他最終承認，是導師陳英旭授意自己通過公司將經費套出，高博公司實際的註冊人則是陳英旭的母親。波易公司的操作手法也與高博公司類似。
通過審計賬目，審計人員發現陳英旭通過兩家公司，在第四子課題和第十子課題上套出了約1000萬元的科研經費。線索隨後被移送至檢察機關，而陳英旭也很快被撤銷了第十一屆全國政協委員的資格。
2014年1月7日，陳英旭因貪污水專項課題經費900餘萬元，被杭州市中級人民法院判處有期徒刑10年。
審計時退錢，審計結束後又要了回來
與陳英旭相比，安徽省環科院水研究所原所長陳雲峰顯得更“膽大”一些：自己的問題被審計發現後，陳雲峰先是把涉案的部分錢款退了回去，審計結束後，覺得平安過關，又把錢要了回來。
陳雲峰是安徽水污染處理方面的年輕專家，擔任該省水專項課題及成果示範工程負責人。
李楠是陳雲峰案的查辦人。他告訴記者，陳雲峰涉及的技術主要應用於水體的淨化處理，因為涉及到成果示範工程，所以會有一些工程建設支出。整個課題預算資金是3400多萬元，但連同其他項目支付給相關公司進行施工的資金就達到了1400多萬元，“這個比例很高，所以要看看錢都怎麼花了”。
調查開始後，李楠發現，所有的工程都是由一個名為合肥某環保科技公司的企業承攬，並且沒有經過公開招投標。這個公司名不見經傳，最初註冊資本只有3萬元人民幣。對此，陳雲峰解釋說，這個公司之前曾經幫所裡幹過一些小活，效果不錯，所以選擇了他們。
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