前述條約及其相關協定實質上是以放棄日本國家主權為前提條件，去維持兩國軍事、安全、政治、外交的穩定關係，自然受到日本廣大民眾的長期的反抗。1958年10月4日,日美兩國首次舉行修改《安保條約》的談判。1960年1月19日，日本首相岸信介和美國總統D.D.艾森豪威爾在華盛頓簽訂《日美共同合作和安全條約》（通稱《新日美安全條約》），後於1960年6月23日雙方互換批准書後生效。新條約有效期10年。該條約與《日美安全條約》相比，是兩國對等的、雙方承擔義務的條約，加強了日美軍事同盟關係。日本仍依靠美國核保護傘維護自身安全，承擔提供軍事基地、擴充軍備、共同作戰等更多的義務。同時兩國還修訂了舊條約簽署時作為連帶性法律文本的《行政協定》，改稱《關於設施和區域及美國駐日本國軍隊的地位的協定》，廢除了日方分擔的防衛經費。由於新條約敵視原蘇聯、中國以及其他亞洲各國人民，日本有被捲入美國軍事行動的危險，因而激起日本人民的強烈反對。1959～1960年，日本人民為反對修訂《日美安全保障條約》，進行了23次全國統一行動。儘管如此該條約還是發揮了日美軍事同盟的壓艙石作用。1970年到期後，日本政府通知美國政府，宣布自動延長。
美國的亞太戰略始終把中國視為主要的假想敵之一，千方百計地遏制中國的和平復興。1972年5月，美國把沖繩交給日本，該條約同樣適用於沖繩，同時還包括中國的釣魚島也被讓給了日本。此舉埋下了中日領土紛爭的禍根，使剛剛恢復正常化的中日關係從一開始就蒙上了陰影，兩國間的信任關係也自此被打進了“楔子”。由於美國的翻雲覆雨，此後，圍繞釣島，我國大陸、台灣地區，與日本之間的摩擦、爭鬥時有發生，雖基本上在可管控範圍之內，但是也始終在影響乃至傷害著兩國人民之間的感情。
2010年11月10日，美國奧巴馬政府決定轉變對華政策，對外公開宣稱釣魚島適用《美日安保條約》。這是美國重返亞太的重要步驟。2012年9月底，日本政府作出對釣魚島實現所謂的“國有化”的錯誤決定，引發中日關係急速下行。2012年11月29日美國參議院全體會議決定，在2013財年“國防授權法案”中增加一個附加條款，明確規定美國對日防衛義務的《日美安保條約》的第五條適用於釣魚島。這顯然是火上澆油，綁架中日兩國民意與政府。可見，日美新安保條約成為了美國實施所謂亞太“再平衡”戰略的“王炸”。
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